故事发生在二十一世纪初叶，全球气候持续变暖，融化的冰山淹没了大部分陆地，与此同时，名为“雾之舰队”的战舰群从天而降占领了海域，人类的生存空间逐渐遭到蚕食。千早群像（兴津和幸 配音）是一名士官候补生，某日，一艘名为“伊401”的潜水艇出现在了她的面前。就这样，群像成为了潜水艇的驾驶员。
皮肤黝黑大大咧咧的橿原杏平（宫下荣治 配音）、温婉可人足智多谋的八月一日静香（东山奈央 配音）、带着面具十分神秘的织部僧（松本忍 配音），活泼可爱身手敏捷的四月一日伊织（津田美波 配音），一群怀抱着拯救人类之重大理想的战友们聚集到了潜水艇之中，为了夺回本该属于人类的领地和敌人展开了激烈的战斗。