“干将莫邪”是春秋时期铸剑大师干将、莫邪夫妇呕心沥血、用生命和旷世爱情冶铸而成的雌雄神剑。后因吴王逼追此剑，干将莫邪不忍分离，两剑倏忽间化作清烟，消失在尘世之间。千百年来，人们纷纷寻找神剑的踪迹……
1000年后，正值中国大分裂时期，汉族正统政权东晋在匈奴等少数民族政权的合围逼迫之下，被迫偏安江南一隅，年轻美貌的太后带着不足十岁的小皇帝苦苦支撑着局面，太师曹安权倾朝野、不可一世。得道高人赤松道长指出，要化解岌岌可危的东晋这场巨大的政权浩劫，必需在天意注定的挚情瞬间，激活那对潜伏了千年之久干将莫邪神剑的魔力……
民间神医黄初平和他的恋人柳一夕偶然救出遭曹太师暗算的太后，恼羞成怒的曹太师与后赵的奸细相互勾结，用巫术控制了一夕的心智，以此来牵制小皇帝。为了拯救邪恶附体、凶戾无比的一夕，黄初平被卷入了一场场阴谋之中，从此拉开了他乱世之中造福于民的人生序幕。几方力量的较量，阴谋成败的磨难，黄初平在赤松道长的点拨下、王羲之的熏陶之下，终于唤醒了一夕的人性。心血相融的两人，一瞬间激发了传说中神剑的神力：干将莫邪，挚情之神，双剑合璧，天下无敌！
黄初平完成了天意赋予的使命，消弭了这场大浩劫。最后藏剑而去，在道长的点化下叱石成羊、得道成仙。