順治期，前明長平公主（獨臂神尼）為實現反清復明，利用朝廷尋訪忠臣遺孤孔四貞之機，命才智過人、武功高強的愛徒嘉三假冒遺孤，潛入宮中，伺機暗殺順治。嘉三進宮後深得孝庄皇太后的愛護，被收為義女並加封為和碩公主，深宮大內看似繁華，卻步步凶險，她幾經劫難，終憑自己的智慧和太后的庇護贏得了順治的信任。同時，在悉心照顧玄燁（康熙）的過程中，對這位未來的千古聖君產生了深厚的感情。正當她在猶豫如何殺順治之時，順治愛妃董小宛重病不治，順治“駕崩”，玄燁即位，稱康熙帝。
康熙即位，危機重重。螯拜意欲篡權逼宮，平西王吳三桂在西南蠢蠢欲動，假冒的孔四貞協助康熙鏟除螯拜，度過了難關。兩人亦逐漸深鎖情緣。大婚在即，兵權在握的封疆大吏孫延齡要挾朝廷，稱與孔四貞有指腹婚約希望履行。與此同時，康熙結交的民間志智士伍次友巧遇心儀已久的孔四貞，然而她卻是獨臂神尼隱匿的真正的孔家遺孤......紛繁的情結將如何解開？
本劇演繹了雄居九五之尊的康熙大帝成就大業的非凡氣魄及其背後不為人知的愛情故事。