【異形特攻學園】描述距離現今不遠的未來世界裡，到處都可以看到異星人，人們一點也不覺得稀奇，即使在小學裡…在小學裡每個人都會被分配到不同的工作，像是生活股長、衛生股長、飼育股長，當然也有叫作「異形應變小組」的工作 。
而這次不幸被選為「異形應變小組」的是百合、久美以及小霞三個女生。雖然校內出現異星人這種事大家已習以為常，但是人們對於又濕又黏的 異星人多少還是會感到噁心。大家都不想成為最不受同學歡迎的「異形應變小組」成員，不過同為此小組成員的久美與小霞卻是傑出的資優生，而且是自己主動要求出任此一工作。
而她們三人之後又會遇到什麼困難呢？