这是一个靠足球决定胜负成败的世界，人声鼎沸的泽芽市运动场，一场精彩纷呈的赛事正在进行。葛叶紘汰（佐野岳饰）所率领的Team.铠武和驱纹戒斗（小林丰 饰）领衔的Team.巴隆激烈角逐，双方为了顶尖殊荣“全骑士杯”使出浑身解数，各逞其能。
匪夷所思的是，本应该死去的角居裕也（崎本大海 饰）出现在Team.铠武的阵容中，而Team.Charmant的凰莲（吉田メタル饰）、城乃内（松田凌 饰）、初濑亮二（白又敦 饰）甚至Team.创世纪的贵虎（久保田悠来 饰）、SID（波冈一喜 饰）、耀子（佃井皆美 饰）等人都在台下注视着这场比赛。这些队伍共同觊觎着同一个目标，那就是代表着无上荣耀的“黄金果实”。
比赛仍在进行，紘汰却倍感蹊跷。一向被海姆植物侵蚀的泽芽市为何突然一片祥和？裕也、初濑、SID等人为何仍在人世？接二连三出现在紘汰面前的少年拿比素（田中伟登 饰）其真正的身份又是谁？随着全骑士杯进入白热化，更为可怕的邪恶阴谋昭然若揭，假面骑士们面临前所未有的灭绝危机！！